Đánh giá những thành quả nghiên cứu khoa học và ứng dụng TBKT vào phát triển sản xuất nông nghiệp và nông thôn, Viện đã được Nhà nước và các tổ chức tặng thưởng:
Huân chương Độc lập:
- Hạng 2
- Hạng 3
Huân chương Lao động:
- Hạng 1
- Hạng 2
- Hạng 3
Giải thưởng Nhà nước
- Nghiên cứu dinh dưỡng và thức ăn gia súc (2005)
- Nghiên cứu chọn tạo và phát triển giống lúa mới cho xuất khẩu và tiêu dùng nội địa (2005)
Giải thưởng VIFOTEC:
- Giống ngô lai đơn V2002 (2003)
- Kỹ thuật ghép cà chua chống bệnh héo rũ vi khuẩn (2005)